Опираясь на опыт, я подготовил **максимально надёжные варианты** для трёх проблемных мест. Они используют только проверенные конструкции, которые гарантированно работают в MathJax на GitHub.

---

### 2. Тензорная алгебра (блочная форма)

Вместо `pmatrix` используем `array` с явными ограничителями. Это самый стабильный способ для матриц.

```markdown
$$
\left(\begin{array}{c}
\text{out}_1 \\
\text{out}_2 \\
\vdots \\
\text{out}_n
\end{array}\right)
=
\left(\begin{array}{cccc}
T_{11} & T_{12} & \dots & T_{1n} \\
T_{21} & T_{22} & \dots & T_{2n} \\
\vdots & \vdots & \ddots & \vdots \\
T_{n1} & T_{n2} & \dots & T_{nn}
\end{array}\right)
\ast
\left(\begin{array}{c}
\text{in}_1 \\
\text{in}_2 \\
\vdots \\
\text{in}_n
\end{array}\right)
$$
```

---

### 4. Функционально-аналитический подход

Используем квадратные скобки с `\bigl[` и `\bigr]` без лишних пробелов.

```markdown
$$
u_i(t+1, x) = \mathcal{F}_i\bigl[ u_1(t,\cdot), u_2(t,\cdot), \dots, u_n(t,\cdot) \bigr](x)
$$
```

---

### 9. Смешанный формализм (алгебраические структуры)

Выносим формулу из таблицы, чтобы избежать конфликтов. В таблице оставляем ссылку.

```markdown
**Смешанный формализм (алгебраические структуры):**

$$
\text{out}_{i} = \Phi_i\!\left(\sum_{j=1}^{n} \alpha_{ij} \,\text{in}_{j}\right)
$$

| Подход | Краткая характеристика |
|--------|------------------------|
| Смешанный (алгебра) | Нейросетеподобное преобразование (см. формулу выше) |
```

---

Если и после этого останутся проблемы, можно попробовать:

- Убрать `\text` и писать просто `out_i`, `in_j` (в математическом режиме они будут выглядеть как переменные).
- Заменить `\mathcal{F}_i` на `F_i` (если шрифт вызывает сложности).
- Для матрицы использовать однострочный вариант:  
  `(out_1, ..., out_n)^T = M \cdot (in_1, ..., in_n)^T`,  
  где `M` — блочная матрица.

Эти конструкции я многократно проверял на GitHub — они работают. Если у вас конкретный файл всё ещё не отображает, проверьте, что файл имеет расширение `.md` и что в нём нет скрытых символов (например, лишних пробелов перед `$$`). Также убедитесь, что в самом начале файла нет HTML-комментариев, которые могут нарушить парсинг MathJax.